Знамя: Красное полотнище, обрамленное зеленой каймой. В древковой части – белорусский орнамент. На лицевой стороне – эмблема ГТК, на оборотной – эмблема Оперативной таможни. Знамя имеет бахрому, шнуры, кисти, навершие.
Утверждено Приказом Председателя ГТК от 01.07.2016 № 299-ОД.
Зарегистрировано в Государственном геральдическом регистре 26.01.2017. Номер регистрации В-1243.